No dia 25 de junho de 1993, as Faculdades Integradas de Santa Cruz do Sul (Fisc) tornavam-se a Universidade de Santa Cruz do Sul (Unisc). Antes disso, com início em 1964, já eram disponibilizados cursos como Ciências, Letras, Pedagogia, Estudos Sociais, Direito, Educação Física, Ciências Contábeis, Administração, entre outros. Hoje, 33 anos depois, são 70 cursos de graduação (45 presenciais + 15 semipresenciais + 10 EaD); 67 cursos de pós-graduação e especialização (Presenciais + EaD); e 9 Programas de Pós-Graduação (mestrado e doutorado). Ao todo, 46.598 alunos colaram grau na Unisc.
A solenidade de instalação oficial da Unisc ocorreu em 11 de agosto de 1993, com a inauguração dos novos blocos com salas de aula; reunião dos reitores de todas as Universidades coirmãs do Rio Grande do Sul, na qual foram discutidos projetos a serem desenvolvidos pelas universidades comunitárias, que naquela época estavam organizando o Consórcio das Universidades Comunitárias Gaúchas (Comung); além de Culto Ecumênico na Catedral São João Batista.
Os anos seguintes, após o título de Universidade, em 1993, foram marcados por um acelerado desenvolvimento em todos os aspectos. Em 1994 e 1995 foi construída uma área de 2 mil metros quadrados para a Biblioteca Central da Unisc, sendo em 1996 construídos os blocos 7 e 8, com salas de aula. Em 1997, todos os cursos já funcionavam no atual campus. A partir de então, muitos novos cursos foram criados, com significativo aumento do número de estudantes.
Também foi em 1997 que a Unisc praticamente duplicou os prédios. Foi inaugurado o bloco 11, do Núcleo de Ciência e Tecnologia; o bloco 31, do Serviço Integrado de Saúde (SIS); o Auditório Central; o prédio da Reitoria; o Centro de Convivência; o prédio da Editora e Materiais; o pórtico de entrada; o abrigo para os motoristas; os blocos 12, 14 e 15 com salas de aula. Foram feitas as primeiras passarelas cobertas interligando os prédios do campus. Foram realizadas obras no entorno do Ginásio Pedagógico, construindo-se a pista atlética e as quadras esportivas, enquanto se iniciava a construção do prédio das piscinas, concluído no ano seguinte.
Em 1998, foi construído o bloco 13, e concluído o 17, onde foram instalados os Laboratórios de Informática. Foi ainda construída a parte inicial do bloco 20, para o Laboratório de Anatomia. Em 1999 foram construídos os blocos 32, para os laboratórios de Odontologia, e 51, para os da Engenharia de Produção. Em 2000 foi a vez dos blocos 18 e 34, para atender as necessidades dos cursos de Direito e de Fisioterapia, e também o prédio do Diretório Central de Estudantes (DCE). Em 2001, foi construído o Bloco 52, onde estão os laboratórios do Curso de Arquitetura e Urbanismo.
